Als öffentlich-rechtliche Einrichtung ist die Schule politisch und konfessionell neutral. Das Schweizer Innenministerium übt die Oberaufsicht aus und der Kanton St. Gallen ist als Patronatskanton für die Lehrpläne und die Didaktik verantwortlich. Der Verein „Schweizer Schule Rom“ bildet die private Trägerschaft der Schule. Die Vereinsmitglieder wählen alle drei Jahre einen Verwaltungsrat, der – zusammen mit der Direktion – die strategische Führung der Schule inne hat.